Graphiques et figures

Graphiques : couleurs et étiquettes

Scores, DModX, T², observé / prédit : la liste « Couleur » colore les points par classe (PLS-DA), par groupe du dendrogramme ou par n'importe quelle variable du projet (dégradé pour une variable numérique). La liste « Étiquettes » écrit à côté de chaque point son nom, un identifiant secondaire ou la valeur d'une variable.

Clic droit sur un graphique après une sélection : « Créer une classe à partir de la sélection » range ces observations dans une classe d'une variable qualitative (nouvelle ou existante), utilisable ensuite pour colorer ou comme classe d'une PLS-DA.

Édition › Sélection commune aux modèles du projet (cochée par défaut) : des observations choisies dans un modèle le sont aussi dans les autres modèles du même projet.

Variables en évidence : un clic sur une variable (barre des VIP, des coefficients ou des loadings, point des loadings, du biplot ou du S-plot, ligne d'un profil, ligne de la liste des variables) la met en rouge sur tous les graphiques du modèle ; un cadre en choisit plusieurs dans les nuages de points des variables. Échap efface la sélection et les variables en évidence.

Autres graphiques

Biplot : scores et loadings dans le même graphique, mis à l'échelle des corrélations (t(corr) et p(corr), ou pc(corr) avec les Y d'une PLS), tous dans le cercle de rayon 1.

Scores en 3D : trois composantes, à faire tourner à la souris ; un clic choisit un point.

S-plot (OPLS) : p[1] contre p(corr)[1] ; les variables aux deux extrémités sont celles qui portent le lien avec Y (ou qui séparent les deux classes).

Mise en forme des graphiques (pour un article, un rapport)

Clic droit sur un graphique › Mise en forme, ou Édition › Mise en forme du graphique : titre et titres des axes de ce graphique ; pour tous les graphiques : police, taille du texte, taille des points, couleurs (dont une palette lisible par les daltoniens et des niveaux de gris), grille, légende ; et « Exporter l'image » à la taille voulue (en pixels, résolution ×1 à ×6) en PNG, SVG ou JPEG. Ces réglages sont gardés d'une fois sur l'autre.

Contributions

Graphiques › Contributions, ou clic droit sur une sélection : pour une observation (ou la moyenne de plusieurs), la part de chaque variable dans son écart à l'observation moyenne du modèle. Au choix : contribution au DModX (pourquoi l'observation est mal modélisée), au score d'une composante, ou au T² (pourquoi elle est loin du centre) ; pondérée ou non par le pouvoir de modélisation.

Figures pour publication

Graphiques › Composer une figure… (ou clic droit sur un graphique › Ajouter à une figure, ou clic droit sur le projet dans l'explorateur) : des graphiques côte à côte dans une figure, à la taille où une revue l'imprime, pour un article.

• Panneaux : les graphiques ouverts dans la fenêtre, de n'importe quel modèle ou du projet (scores, loadings, effets, carte, séries...) : « Ajouter un graphique ouvert... » les liste, le graphique au premier plan vient en premier. Chacun a sa lettre dans l'ordre de la liste (les flèches le changent) : A, B, C, ou a, b, c, (A), (a), en gras ou non, dans le coin choisi. Un panneau prend une case de la grille, ou deux colonnes, ou deux lignes ; la grille (lignes × colonnes : 1 × 2, 2 × 2, 1 × 3...) s'agrandit quand un panneau ajouté n'y tient pas, et un panneau qui n'a pas de place est en rouge.
• Taille : la largeur de la revue en millimètres : une colonne (85 ou 90 mm), une et demie (114 ou 140 mm), deux colonnes (174 ou 190 mm), ou une autre ; la hauteur donnée, ou tirée des panneaux (la forme des graphiques à l'écran).
• Texte et traits : la taille du texte en points une fois imprimé (graduations, titres des axes, légendes : de 6 à 8 pt pour la plupart des revues ; les étiquettes des points et les notes en proportion), la largeur des traits des courbes en points (axes et grille à la moitié), les titres des graphiques (cachés d'abord : la lettre et la légende suffisent) et les légendes.
• Export : PDF (vectoriel, polices incluses, la page juste à la taille de la figure), SVG (vectoriel, dimensionné en millimètres), ou PNG et TIFF à 300 ou 600 points par pouce, cette résolution écrite dans le fichier (pHYs du PNG, étiquettes de résolution du TIFF) pour les vérifications des revues ; le TIFF compressé en LZW, sans perte, ou pas compressé. Dans le navigateur, le PDF passe par sa fenêtre d'impression (choisir « Enregistrer au format PDF », sans marges).
• Cartes sur fond (OpenStreetMap, IGN) : dans le fichier, les points, la légende et l'échelle de couleurs sont des vecteurs sur une image des tuiles de la carte à la résolution de l'export (300 points par pouce dans un PDF ou un SVG), téléchargées de nouveau pour lui à un niveau de zoom plus proche que celui de l'aperçu : plus de détails, des noms de lieux plus petits. Chaque carte demande au plus 200 tuiles à son serveur, d'au plus deux niveaux de zoom au-dessus de celui de l'écran et d'aucun au-delà du niveau 19 ; la barre d'état dit quand le fond en est moins net que demandé. L'attribution (© OpenStreetMap contributors, © IGN) reste dans un coin de la carte.

Chaque graphique est dessiné comme dans sa vue au moment où il a été ajouté (axes, couleurs, étiquettes, titres de Mise en forme, zoom), dans le thème clair, sans la sélection, sur fond blanc ; le bouton d'actualisation d'un panneau reprend les réglages de sa vue ouverte. La figure est gardée dans le projet et enregistrée avec lui (dans l'explorateur, sous Figures : ouvrir, exporter, renommer, dupliquer, supprimer) ; elle prend toujours le dernier ajustement de chaque modèle (un modèle pas encore calculé l'est quand la figure est dessinée) : après un réajustement, on l'exporte de nouveau. Édition › Annuler ne touche pas aux figures.