Cartes et données spatiales

Graphiques › Carte (ou dans l'explorateur, sous le projet) : les observations sur une carte. La première fois, choisissez les coordonnées du projet : deux de ses variables, X (l'est, ou la longitude) et Y (le nord, ou la latitude), et leur système de coordonnées : des longitudes et latitudes en degrés (WGS 84), du Lambert-93, les zones CC, le Lambert II étendu (NTF), une zone UTM (un autre code EPSG : 326xx au nord, 327xx au sud), LAEA Europe, la Mercator du web, ou des coordonnées planes en mètres d'un autre système (les distances restent justes, sans fond de carte). Nuée les propose d'après le nom des variables (lon/lat, X_L93/Y_L93, X/Y...). Elles sont enregistrées avec le projet, et Ctrl+Z les retire.

La carte place les points à la même échelle sur les deux axes. Couleur : une variable du projet, ou une colonne des résultats d'un modèle ajusté (scores, résidus, valeurs ajustées, groupes...) ; Taille : une variable ou une colonne quantitative ; Étiquettes : le nom des observations. Fond : aucun par défaut, et rien ne quitte l'ordinateur ; OpenStreetMap, le plan de l'IGN ou ses photographies aériennes (en France) se téléchargent quand on les choisit, et leurs serveurs reçoivent alors la zone affichée. Un cadre, un lasso ou un clic sélectionne des observations, partagées avec les modèles du projet comme dans les autres graphiques.

Les conversions entre systèmes sont écrites dans Nuée (formules de Lambert, de la Mercator transverse, de LAEA ; la NTF passée en WGS 84 par les trois translations de l'IGN, au mètre près ; RGF93 et ETRS89 pris pour WGS 84) : elles donnent celles de PROJ, la bibliothèque de QGIS, au micromètre près.

GeoPackage (.gpkg), le format de QGIS : Fichier › Ouvrir lit l'une de ses couches (Nuée demande laquelle quand il y en a plusieurs) comme un tableau ; des points donnent deux colonnes de coordonnées (X et Y, ou longitude et latitude), des lignes et des polygones leur centre (le centre de gravité de la surface d'un polygone), et les coordonnées du projet sont réglées. Fichier › Exporter les données et l'export des résultats d'un modèle écrivent un GeoPackage quand le projet a des coordonnées : un point par observation avec toutes ses colonnes, les autres tableaux de résultats d'un modèle à côté ; QGIS l'ouvre avec son système de coordonnées.

Valeurs de rasters (Édition › Ajouter des valeurs de rasters…, ou le bouton de la carte) : l'altitude, la pente, l'occupation du sol, le climat… lus dans des fichiers raster à la position de chaque observation, et ajoutés au projet comme de nouvelles variables, une par bande. Choisissez un ou plusieurs fichiers : GeoTIFF (.tif, celui de QGIS, de la BD ALTI et du RGE ALTI de l'IGN, de Copernicus, de CORINE, de WorldClim ou de CHELSA) ou grilles ASCII d'ESRI (.asc, avec leur .prj). Dans la version navigateur, tapez le chemin complet de chaque fichier (plusieurs : séparés par « ; ») : le moteur lit les fichiers là où ils sont. Avant d'ajouter, chaque fichier montre sa taille, son format, sa compression, ses cellules et leur taille, ses bandes et leur type, son système de coordonnées, sa valeur manquante, et combien d'observations y tombent ; un fichier qui ne se lit pas dit pourquoi. Pour chaque fichier, choisissez la valeur : la cellule qui contient l'observation (des classes, l'occupation du sol ; proposée pour des entiers de 8 bits et les palettes), l'interpolation bilinéaire des quatre cellules les plus proches (des valeurs continues ; proposée pour des réels), ou la moyenne, ou la classe majoritaire, des cellules dont le centre est à moins d'un rayon en mètres (à égalité, la classe de la cellule de l'observation, puis la plus petite ; sans centre dans le rayon, la cellule de l'observation). Les valeurs sont celles de terra::extract. Une observation sans coordonnées, hors du raster ou sur une cellule sans valeur reçoit une valeur manquante, et le résultat compte chaque cas. Chaque bande reçoit un nom (sa description dans le fichier, ou le nom du fichier), que vous pouvez changer ; un nom déjà pris devient « nom (2) ». Des fichiers côte à côte, aux mêmes bandes, type, système et cellules (les dalles d'un MNT), sont proposés comme un seul raster : une variable par bande, chaque observation prenant la valeur de la dalle qui la contient (un cercle prend les cellules de toutes les dalles). Édition › Annuler (Ctrl+Z) retire les variables. Elles sont enregistrées avec le projet comme les autres, et gardent d'où elles viennent : le texte des Méthodes d'un modèle qui les utilise dit quels fichiers, quelle taille de cellules, quel système et quelle méthode les ont données. La console R montre l'appel, ajouter_valeurs_rasters(...), et ce qu'il a donné.

Les fichiers sont lus dans Nuée, sans GDAL, et seulement les bandes de lignes ou les tuiles qui contiennent des observations : un MNT national reste rapide (une fraction de seconde pour une centaine d'observations dans un fichier sans compression ou Deflate, une à trois secondes en LZW, décodé en R). Lus : TIFF classique et BigTIFF, en bandes de lignes ou en tuiles, bandes entrelacées ou séparées ; sans compression, LZW, Deflate, PackBits, LZMA et ZSTD (ZSTD avec R 4.4 et après), avec les prédicteurs 2 et 3 ; des entiers de 8, 16 et 32 bits, des réels de 32 et 64 bits ; la valeur manquante, l'échelle, le décalage et le nom des bandes de GDAL ; le géoréférencement (ModelPixelScale et ModelTiepoint, ModelTransformation, ou un fichier .tfw), les pixels comme surfaces ou comme points. Le système de coordonnées du raster vient de son code EPSG, ou de ses paramètres, et doit être de ceux que Nuée convertit (WGS 84, ETRS89, RGF93, Lambert-93, CC42 à CC50, Lambert II étendu, UTM, LAEA Europe, Mercator du web) : un autre est refusé avec son code ; reprojetez le raster dans QGIS (Raster › Projections › Projection) ou avec gdalwarp. Un raster sans système de coordonnées est pris dans celui du projet. Refusés, avec un message : les compressions JPEG, WebP, LERC, JPEG 2000 et CCITT, des valeurs de 1, 2, 4, 12 ou 24 bits, des réels de 16 bits, des nombres complexes, les couleurs YCbCr, les points d'appui (GCP). Lues sans leurs couleurs : les palettes (les numéros des classes sont lus). Laissés de côté : les aperçus (overviews : les valeurs viennent de la pleine résolution), les autres images d'un fichier, les masques et les fichiers .aux.xml.

Graphiques › Autocorrélation spatiale (depuis la carte, ou pour une régression depuis son modèle) : l'I de Moran d'une variable ou des résidus d'une régression (ou, pour des comptages, des présences-absences et des valeurs positives, ses résidus quantiles), avec son espérance sans autocorrélation, z et la valeur p unilatérale (autocorrélation positive) sous la randomisation, et p par permutations (999 par défaut). Pour un modèle linéaire sans effet aléatoire, une seconde ligne donne le test qui tient compte de l'ajustement (Cliff et Ord 1981, comme spdep::lm.morantest). Voisinage : les k plus proches voisines de chaque observation (rendues réciproques), les observations à moins d'une distance (vide : la plus petite qui donne une voisine à chacune), ou l'inverse de la distance ; lignes de somme 1 (style « W » de spdep) ou poids tels quels. Dessous, le corrélogramme (l'I de Moran par classes de distance jusqu'à la moitié de la plus grande, p bilatérale corrigée par Holm sur les classes, en rouge à 0,05) et le semi-variogramme (la moitié de la moyenne des carrés des écarts entre les valeurs des paires de chaque classe, comme gstat::variogram, jusqu'au tiers de la diagonale de la zone), la variance en tirets. Les distances suivent les grands cercles pour des longitudes et latitudes, des lignes droites pour des coordonnées planes. Des observations au même endroit (une placette suivie plusieurs années) sont les plus proches voisines les unes des autres : « Moyenne par lieu » remplace leurs valeurs par leur moyenne.