Tutoriels

Trois études suivies du début à la fin : la question, les données, les fenêtres de Nuée l'une après l'autre, la lecture des résultats, et le texte des méthodes. Chacune a son tableau à télécharger.

• Avant/après avec témoins (BACI)

  L'arasement d'un seuil a-t-il augmenté la densité de jeunes truites ? Six stations suivies 14 ans : l'écart impact − témoins, le modèle mixte BACI et ses conditions, l'interaction lue correctement, les moyennes ajustées, le texte des méthodes et l'export vers R.

• PLS sur des spectres

  Prédire le carbone organique de sols à partir de leur spectre proche infrarouge : le prétraitement (SNV, detrend), le nombre de composantes par validation croisée, les VIP, l'observé contre le prédit, le test de permutation, puis la prédiction de nouveaux échantillons.

• Suivre une population

  Une alouette suivie sur 40 sites pendant 17 ans : de Quelle analyse ? aux indices et à la tendance de TRIM et sa classe, puis la densité par transects linéaires (échantillonnage par distances), et une figure pour le rapport.

Avant de commencer

• Installez Nuée : version 1.0.0 ou plus récente.
• Les données des tutoriels sont simulées : elles ont été fabriquées pour l'exercice par un script R, avec une graine fixe ; le script est à côté de chaque tableau. Aucun résultat n'est à citer comme une observation.
• Les captures d'écran viennent de Nuée 1.0.0 en français (les pages anglaises montrent l'interface en anglais). Elles ont été prises dans la version navigateur de Nuée : la fenêtre de l'application de bureau est la même, à quelques boutons près (Télécharger y devient Choisir l'emplacement…).
• L'interface est en français et en anglais (Affichage › Langue).

Les données

Les mêmes tableaux existent avec des noms de colonnes en anglais (voir les tutoriels en anglais). Rscript baci.R (et les deux autres) les réécrit à l'identique, avec R 3.6 ou plus récent.